1952年6月，我院前身中国人民解放军第十八野战医院成立。同年10月转到地方，更名为福建省第二康复医院，隶属福建省康复医院管理局，设有病床1200张，职工800人左右。

1954年4月，福建省第二康复医院大部分迁入福州福湾路湖边村，设病房四座，开放病床600张，职工305人。闽侯县旧院区更名为福建省第四康复医院。

1955年底至1956年8月，福建省第一、三、四康复医院先后并入福建省第二康复医院，组成福建省康复医    院，隶属福建省卫生厅。

1958年，福建省康复医院合并福建省结核病防治院，同时挂福建省福州结核病防治院和福建省康复医院两块院牌，医院开放病床600张，职工总数增到450人。

1961年，取消福建省康复医院院名。

1971年，福建省福州结核病防治院下放福州市管理，隶属福州市卫生局。按照福建省政府有关“体制下放，任务不变”的批示，仍然承担全省结核病防治工作。

1988年3月，我院在原有的基础上经福州市卫生局批准成立福建省福州肺科医院，同时挂福建省福州肺科医院和福建省福州结核病防治院两块院牌。

1989年9月，经福州市卫生局批准成立福建省福州呼吸系病研究所。

1999年，我院被福州市委、市政府授予花园式医院。

2000年—2009年

2001年12月，我院举行“三级甲等专科医院”挂牌仪式。

2003年初，我院被确定为收治SARS定点医院。

2003年，福建省首台低剂量直接数字化X线摄像机在我院投入使用。

2003年3月，经福建省卫生厅批准，我院成立福建省结核病临床培训基地。

2003年5月，我院新门诊大楼破土动工，门诊楼建设工程总建筑面积7451平方米，总投资1700万元。

2003年8月，我院网站（www.fjfk.com）正式开通。

2004年3月，我院成功举办福建省结核病临床诊疗第一期进修班。

2004年3月，我院开展首例动物手术实验。

2005年8月，我院组建首家医院警务室。

2007年2月，我院日立多层螺旋CT开机使用，医学影像设备实现数字化，整体水平居福州市同行的前列。

2007年10月，我院内科胸腔镜投入使用。

2007年11月，我院低温液氧集中供气系统投入使用，实现全院医用氧气供气管道联网。

2007年11月，卫生部临床检验中心专家组莅临我院对PCR实验室进行评审验收。

2008年4月，我院被列为福州市农民工优惠定点医院。

2008年7月，院工会被授予“全国模范职工之家”荣誉称号。

2008年12月，我院开设全省首家戒烟门诊。

2009年1月，我院被中央精神文明建设指导委员会授予“全国文明单位”荣誉称号。

2009年4月，福州市医疗系统首家睡眠呼吸监测室在我院建立并投入使用。

2009年5月，我院收治全省首例甲型H1N1流感病人。

2010年—2019年

2011年2月，我院呼吸重症监护病房（RICU）正式启用。

2011年4月，福州市医学会胸心外科学会成立大会在福州召开。我院为学会挂靠单位。

2011年5月，我院64排螺旋CT投入使用。

2011年7月，我院被授予福建省卫生职业技术学院教学医院。

2012年4月，我院成立呼吸病介入诊疗中心。

2012年9月，我院成立急诊科。

2013年9月，我院成为全国结核病医院联盟常委单位。

2014年10月，我院取得国家药物临床试验机构资质。

2014年11月，我院荣获福州市“诚信医疗示范单位”称号。

2014年12月，我院医疗技术协作医院在尤溪县医院挂牌成立。

2014年12月，福州市肿瘤质控中心成立。我院为中心挂靠单位。

2015年11月，我院结核科成为福州市首批临床重点专科（西医类别）。

2016年6月，中华医学会结核病学分会、全国结核病医院联盟为我院授予 “‘协和’金牌培训基地”。

2016年7月，我院成立重症结核科。

2016年8月，我院被列为中国医院协会单位会员。

2016年12月，我院被评为福州市医疗纠纷人民调解单位。

2017年1月，我院肿瘤科被福建省抗癌协会授予第一批“癌痛规范化治疗示范病房”挂牌单位。

2017年9月，中华医学会结核病学分会、全国结核病医院联盟为我院授予“优秀金牌培训基地”荣誉称号。

2018年7月，我院成为中盖结核病项目抗结核新药引进和保护机制项目第二批试点医院。

2018年11月，我院喜获国家级医疗器械临床试验机构与体外诊断技术临床试验基地的资质。

2019年1月，我院成为福建省内第一家市级三级医院PCCM优秀单位。

2019年6月，我院与首都医科大学附属北京胸科医院签订全面战略合作协议。

——2020年至今

2020年1月，我院被确定为福建省、福州市新型冠状病毒感染的肺炎救治定点医院。

2020年1月，我院正式启用负压隔离病房，收治全省首例新冠病毒感染肺炎确诊患者。

2020年1月，我院派出专家组八天七夜驻扎连江县医院救治全省首例新冠患者（全省首例重症新冠患者）。

2020年2月，首批（2例）新冠肺炎患者治愈出院。

2020年3月，第72位新冠肺炎患者治愈出院，本土确诊的新冠肺炎患者清零。

2020年4月，王新航、李秀兰作为中国第三批赴意医疗专家组成员完成31天援意任务，平安抵榕。

2020年6月，我院40户家庭荣获省卫健委授予的“福建省抗疫最美家庭”荣誉称号。

2020年9月，全国抗击新冠肺炎疫情表彰大会在北京人民大会堂召开，党委书记高虹代表医院在人民大会堂接受习近平总书记的现场颁奖——福建省福州结核病防治院党委荣获“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”和“全国先进基层党组织”。

2020年9月，我院举行第16批援博茨瓦纳医疗队队员谢德辰同志欢送仪式。

2020年10月，我院获批中华护理学会呼吸专科护士京外临床教学建设基地资质。

2020年12月，福州市医学会胸心外科学分会完成第三届委员会换届选举，我院陈树兴当选主任委员、陈新富当选副主任委员。

2021年1月，我院蝉联五届“全国文明单位”荣誉称号。

2021年4月，我院获得抗结核新药耐药监测项目单位资质（全国仅8家医疗机构）。

2021年4月，福建省福州肺科医院隔离病房团队获得中华全国总工会授予的“全国五一巾帼标兵岗”荣誉称号。

2021年4月，我院获得抗结核新药耐药监测项目单位资质（全国仅8家医疗机构）。

2021年10月，根据《福建省应对新冠肺炎疫情工作指挥部综合协调组转发国务院应对新型冠状病毒肺炎疫情联防联控机制综合组关于进一步加强新型冠状病毒肺炎救治定点医院院内感染与控制工作的通知》（闽应对综合组织部综﹝2021﹞48号）要求，我院腾空所有病房用于收治新冠患者。

2021年10月，我院联合主办国家继续教育项目全国结核病诊疗与防控暨第五届中西医结合治疗基础与临床新进展研讨会。

2021年10月，我院主办第一届闽江呼吸论坛暨2021年福州市医学会呼吸病学分会学术年会。

2022年1月，我院北院区(隔离院区)投入使用。  

2022年5月，我院检验科获“福建省五一先锋岗”荣誉称号，呼吸与危重症医学科一病区获福州市“五一先锋号”荣誉称号。

2022年5月，我院举行外聘专家--福建医科大学附属协和医院翁钦永教授签约仪式。

2022年6月，《人民日报海外版》9版刊发通讯《医者仁心 众志成城》，点赞我院医务工作者坚持奋战在抗疫一线，在八闽抗疫主战场发挥中坚作用。

2022年7月，我院隆重召开庆祝中国共产党成立101周年暨“两优一先”表彰大会。

2022年8月，我院顺利启动我国结核病领域第一个1.1类创新药─舒达吡啶片III期临床试验研究。

2022年8月，福州市医学会呼吸病学分会完成第三届委员会换届选举，我院陈晓红当选主任委员。

2022年8月，我院举办第二届闽江呼吸论坛暨2022年福州市医学会呼吸病学分会学术年会。

2022年8月，福州市临床用药质量控制中心开展2022药学服务技能大赛福州市区预选赛，我院参赛队伍以第二名的成绩荣获二等奖。

2022年8月，中华护理学会呼吸专科护士京外临床实践基地培训班毕业典礼在我院举行。

2022年9月，我院开展首例幼儿全麻支气管镜检查。

2022年9月，我院举办福州市医学会肿瘤病学分会胸部疾病穿刺研讨会。

2022年10月，福州本土疫情爆发，我院接福州市应急指挥部通知，5个小时清空所有病区，暂停门急诊服务，全面收治新冠患者。

2022年11月，福建省副省长李德金莅临我院指导抗疫工作。

2023年1月，根据国家卫生健康委2022年第7号公告，自2023年1月8日起，解除对新型冠状病毒感染甲类传染病预防、控制措施。实施新型冠状病毒感染“乙类乙管”后，我院继续作为定点医院收治新冠重症、危重症病例。

2023年2月，我院荣获“福建省护理学会副理事长单位”（任期2023至2028年）。

2023年2月，我院内四区挂牌2022-2024年度福州市卫生健康行业“青年文明号”。

2023年2月，福建省防痨协会召开第七届全省代表大会，我院张郁澜院长当选副理事长、秘书长。

2023年3月，我院被授予“国家感染性疾病临床医学研究中心福建省分中心”。

2023年3月，我院当选国家区域医疗中心福建省肺结节专科联盟副理事长单位。

2023年3月，我院呼吸与危重症医学科开设间质肺专病门诊。

2023年3月，福建省医学会结核病学分会换届选举会议在福州举行，我院陈晓红主任当选主任委员。

2023年3月，我院肿瘤综合住院大楼及制剂楼项目奠基开工，项目总建筑面积5.26万㎡，其中肿瘤综合住院大楼总建筑面积42966㎡，制剂楼总建筑面积9180㎡。

2023年4月，陈晓红主任荣获“福建省卫生健康突出贡献中青年专家”称号，实现省高层次人才零突破。

2023年4月，手术室获福州市“五一先锋号”称号。

2023年5月，我院获“2021-2022年度福建省护理学会继续护理学教育先进单位”荣誉称号。

2023年5月，黄铃丹获2023年度福建省“最美护士”荣誉称号。

2023年5月，刘美玲获2023 年福建省护理学会优秀护理工作者荣誉称号。

2023年5月，林娜获2023年福建省“小鹰”护理基金奖。

2023年5月，黄晓云获2022年福建省“小鹰”护理基金奖。

2023年6月，我院成为福建省医学会呼吸病学分会副主委单位。陈晓红主任当选福建省医学会呼吸病学分会第七届委员会副主任委员。

2023年6月，由中华医学会、中华医学会结核病学分会主办的“2023年全国结核病学术大会”在广州召开，陈晓红当选中华医学会结核病学分会第十八届委员会互联网专业委员会主任委员。

2023年7月，我院结核病科获批2023年省级西医类临床重点专科建设项目。

2023年7月，我院吴迪、郭志平荣获省卫健委主办的2023年全省结核病临床诊疗技能竞赛“个人全能一等奖”，福州市代表队荣获“团体第一名”。

2023年7月，我院林恒在福建省青年医师优秀病例演讲大赛中夺冠。

2023年7月，我院与罗源县医院正式签约呼吸专科医联体。

2023年9月，中共福州市卫健委党组任命李丹纪委书记，陈晓红副院长，石琴副院长。

2023年9月，呼吸与危重症医学科一病区获评2023-2025年度福建省级青年文明号。

2023年10月，我院6本病历被福州市质控中心评为“十佳病案”，其中5本被推荐参加福建省“优秀病案”评选，1本参加全国“百佳病案”评选。

2023年10月，我院新申报新技术、新项目11项，林宇君的“经支气管镜引导声门上吸痰管置入行声门上分泌物引流预防并治疗吸入性肺炎”系国内外首创技术。

2023年11月，我院挂牌成立间质性肺病规范化诊疗中心、慢性阻塞性肺疾病规范化诊疗中心。

2023年11月，我院开设呼吸专科护理门诊。

2023年12月，2023年全国卫健系统“最美天使”摄影大展 ，大众评选二等奖蔡婷，大众评选优秀奖林清（女）、刘小梅、林娜。

2023年12月，中华护理学会授予我院“中华护理学会呼吸专科护士临床教学基地”称号。

2024年1月，我院启动院内免费巴士。

2024年1月，制剂楼立体结构封顶。

2024年2月，胸外科张楠、潘闪在“第九届大中华胸腔镜手术菁英赛(南部赛区)”获腔镜肺叶组二等奖、三等奖。

2024年3月，我院作为联合申报单位加入国家重点研发计划“结核病生物标志物系统发现和预警诊断技术研发”项目。该项目隶属于“病研学与防疫技术体系研究”专项，由上海交通大学牵头，中国疾病预防控制中心传染病预防控制所等8家单位作为合作机构，于2024年3月正式启动。

2024年4月，“江森名医工作室”“芮红兵名医工作室”签约授牌仪式。

2024年5月，我院新院门(北园路南门)正式启用。

2024年6月，中共福州市委授予中共福建省福州结核病防治院第一支部委员会“全市先进基层党组织”荣誉称号。

2024年6月，中共福州市委市直机关工作委员会授予中共福建省福州结核病防治院第一支部委员会“市直机关先进基层党组织”荣誉称号。

2024年6月，陈晓红副院长任福建卫生报宣传大使。

2024年7月，我院成功开展“首例无插管保留自主呼吸胸科手术”。

2024年9月，我院获批中国防痨协会首批结核病临床护理培训基地。

2024年9月，肿瘤综合住院大楼立体结构封顶。

2024年10月，我院放疗科开科。

2024年10月，我院与福清市第四医院正式签约呼吸科医联体。

2024年10月，我院药学门诊开诊。

2024年11月，林娜科普文章《肺隐刺客--呼吸道保卫战》荣获第三届福建科普作品创作大赛科普文章优秀奖。

2024年11月，林娜作品《一种成人桡动脉采血安置架》获2024年福州市职工“五小”创新大赛三等奖

2024年12月，闽侯县总医院成立“王新航名医工作室”，王新航兼任挂职副院长。

2024年12月，胸外科陈新富主任团队成功完成首例经胸骨拉钩VATS前纵膈肿物切除术。

2024年12月，我院获“海涛杯”非结核分枝杆菌病规范化诊治培训基地称号。

2024年12月，福建省卫生健康委员会公布我院通过“三甲”复审，确定福建省福州肺科医院为三级甲等专科医院。

2024年12月，我院荣获福建护理学会2021-2024年定点帮扶基层医疗卫生机构“优秀支援单位”称号。