1952年6月，我院前身中国人民解放军第十八野战医院成立。同年10月转到地方，更名为福建省第二康复医院，隶属福建省康复医院管理局，设有病床1200张，职工800人左右。

1954年4月，福建省第二康复医院大部分迁入福州福湾路湖边村，设病房四座，开放病床600张，职工305人。闽侯县旧院区更名为福建省第四康复医院。

1955年底至1956年8月，福建省第一、三、四康复医院先后并入福建省第二康复医院，组成福建省康复医院，隶属福建省卫生厅。

1958年，福建省康复医院合并福建省结核病防治院，同时挂福建省福州结核病防治院和福建省康复医院两块院牌，医院开放病床600张，职工总数增到450人。

1961年，取消福建省康复医院院名。

1971年，福建省福州结核病防治院下放福州市管理，隶属福州市卫生局。按照福建省政府有关“体制下放，任务不变”的批示，仍然承担全省结核病防治工作。

1988年3月，我院在原有的基础上经福州市卫生局批准成立福建省福州肺科医院，同时挂福建省福州肺科医院和福建省福州结核病防治院两块院牌。

1989年9月，经福州市卫生局批准成立福建省福州呼吸系病研究所。

1999年，我院被福州市委、市政府授予花园式医院。

2000年—2009年

2001年12月，我院举行“三级甲等专科医院”挂牌仪式。

2003年初，我院被确定为收治SARS定点医院。

2003年，福建省首台低剂量直接数字化X线摄像机在我院投入使用。

2003年3月，经福建省卫生厅批准，我院成立福建省结核病临床培训基地。

2003年5月，我院新门诊大楼破土动工，门诊楼建设工程总建筑面积7451平方米，总投资1700万元。

2003年8月，我院网站（www.fjfk.com）正式开通。

2004年3月，我院成功举办福建省结核病临床诊疗第一期进修班。

2004年3月，我院开展首例动物手术实验。

2005年8月，我院组建首家医院警务室。

2007年2月，我院日立多层螺旋CT开机使用，医学影像设备实现数字化，整体水平居福州市同行的前列。

2007年10月，我院内科胸腔镜投入使用。

2007年11月，我院低温液氧集中供气系统投入使用，实现全院医用氧气供气管道联网。

2007年11月，卫生部临床检验中心专家组莅临我院对PCR实验室进行评审验收。

2008年4月，我院被列为福州市农民工优惠定点医院。

2008年7月，院工会被授予“全国模范职工之家”荣誉称号。

2008年12月，我院开设全省首家戒烟门诊。

2009年1月，我院被中央精神文明建设指导委员会授予“全国文明单位”荣誉称号。

2009年4月，福州市医疗系统首家睡眠呼吸监测室在我院建立并投入使用。

2009年5月，我院收治全省首例甲型H1N1流感病人。

2010年—2019年

2011年2月，我院呼吸重症监护病房（RICU）正式启用。

2011年4月，福州市医学会胸心外科学会成立大会在福州召开。我院为学会挂靠单位。

2011年5月，我院64排螺旋CT投入使用。

2011年7月，我院被授予福建省卫生职业技术学院教学医院。

2012年4月，我院成立呼吸病介入诊疗中心。

2012年9月，我院成立急诊科。

2013年9月，我院成为全国结核病医院联盟常委单位。

2014年10月，我院取得国家药物临床试验机构资质。

2014年11月，我院荣获福州市“诚信医疗示范单位”称号。

2014年12月，我院医疗技术协作医院在尤溪县医院挂牌成立。

2014年12月，福州市肿瘤质控中心成立。我院为中心挂靠单位。

2015年11月，我院结核科成为福州市首批临床重点专科（西医类别）。

2016年6月，中华医学会结核病学分会、全国结核病医院联盟为我院授予 “‘协和’金牌培训基地”。

2016年7月，我院成立重症结核科。

2016年8月，我院被列为中国医院协会单位会员。

2016年12月，我院被评为福州市医疗纠纷人民调解单位。

2017年1月，我院肿瘤科被福建省抗癌协会授予第一批“癌痛规范化治疗示范病房”挂牌单位。

2017年9月，中华医学会结核病学分会、全国结核病医院联盟为我院授予“优秀金牌培训基地”荣誉称号。

2018年7月，我院成为中盖结核病项目抗结核新药引进和保护机制项目第二批试点医院。

2018年11月，我院喜获国家级医疗器械临床试验机构与体外诊断技术临床试验基地的资质。

2019年1月，我院成为福建省内第一家市级三级医院PCCM优秀单位。

2019年6月，我院与首都医科大学附属北京胸科医院签订全面战略合作协议。

——2020年至今

2020年1月，我院被确定为福建省、福州市新型冠状病毒感染的肺炎救治定点医院。

2020年1月，我院正式启用负压隔离病房，收治全省首例新冠病毒感染肺炎确诊患者。

2020年1月，我院派出专家组八天七夜驻扎连江县医院救治全省首例新冠患者（全省首例重症新冠患者）。

2020年2月，首批（2例）新冠肺炎患者治愈出院。

2020年3月，第72位新冠肺炎患者治愈出院，本土确诊的新冠肺炎患者清零。

2020年4月，王新航、李秀兰作为中国第三批赴意医疗专家组成员完成31天援意任务，平安抵榕。

2020年6月，我院40户家庭荣获省卫健委授予的“福建省抗疫最美家庭”荣誉称号。

2020年9月，全国抗击新冠肺炎疫情表彰大会在北京人民大会堂召开，党委书记高虹代表医院在人民大会堂接受习近平总书记的现场颁奖——福建省福州结核病防治院党委荣获“全国抗击新冠肺炎疫情先进集体”和“全国先进基层党组织”。

2020年9月，我院举行第16批援博茨瓦纳医疗队队员谢德辰同志欢送仪式。

2020年10月，我院获批中华护理学会呼吸专科护士京外临床教学建设基地资质。

2020年12月，福州市医学会胸心外科学分会完成第三届委员会换届选举，我院陈树兴当选主任委员、陈新富当选副主任委员。

2021年1月，我院蝉联五届“全国文明单位”荣誉称号。

2021年4月，我院获得抗结核新药耐药监测项目单位资质（全国仅8家医疗机构）。

2021年4月，福建省福州肺科医院隔离病房团队获得中华全国总工会授予的“全国五一巾帼标兵岗”荣誉称号。

2021年4月，我院获得抗结核新药耐药监测项目单位资质（全国仅8家医疗机构）。

2021年10月，根据《福建省应对新冠肺炎疫情工作指挥部综合协调组转发国务院应对新型冠状病毒肺炎疫情联防联控机制综合组关于进一步加强新型冠状病毒肺炎救治定点医院院内感染与控制工作的通知》（闽应对综合组织部综﹝2021﹞48号）要求，我院腾空所有病房用于收治新冠患者。

2021年10月，我院联合主办国家继续教育项目全国结核病诊疗与防控暨第五届中西医结合治疗基础与临床新进展研讨会。

2021年10月，我院主办第一届闽江呼吸论坛暨2021年福州市医学会呼吸病学分会学术年会。

2022年1月，我院北院区(隔离院区)投入使用。  

2022年5月，我院检验科获“福建省五一先锋岗”荣誉称号，呼吸与危重症医学科一病区获福州市“五一先锋号”荣誉称号。

2022年5月，我院举行外聘专家--福建医科大学附属协和医院翁钦永教授签约仪式。

2022年6月，《人民日报海外版》9版刊发通讯《医者仁心 众志成城》，点赞我院医务工作者坚持奋战在抗疫一线，在八闽抗疫主战场发挥中坚作用。

2022年7月，我院隆重召开庆祝中国共产党成立101周年暨“两优一先”表彰大会。

2022年8月，我院顺利启动我国结核病领域第一个1.1类创新药─舒达吡啶片III期临床试验研究。

2022年8月，福州市医学会呼吸病学分会完成第三届委员会换届选举，我院陈晓红当选主任委员。

2022年8月，我院举办第二届闽江呼吸论坛暨2022年福州市医学会呼吸病学分会学术年会。

2022年8月，福州市临床用药质量控制中心开展2022药学服务技能大赛福州市区预选赛，我院参赛队伍以第二名的成绩荣获二等奖。

2022年8月，中华护理学会呼吸专科护士京外临床实践基地培训班毕业典礼在我院举行。

2022年9月，我院开展首例幼儿全麻支气管镜检查。

2022年9月，我院举办福州市医学会肿瘤病学分会胸部疾病穿刺研讨会。

2022年10月，福州本土疫情爆发，我院接福州市应急指挥部通知，5个小时清空所有病区，暂停门急诊服务，全面收治新冠患者。

2022年11月，福建省副省长李德金莅临我院指导抗疫工作。

2023年2月，我院内四区挂牌2022-2024年度福州市卫生健康行业“青年文明号”。

2023年2月，福建省防痨协会召开第七届全省代表大会，我院张郁澜院长当选副理事长、秘书长。

2023年3月，福建省医学会结核病学分会换届选举会议在福州举行，我院陈晓红主任当选主任委员。

2023年3月，我院被授予“国家感染性疾病临床医学研究中心福建省分中心”。

2023年3月，我院肿瘤综合住院大楼及制剂楼项目奠基开工，项目总建筑面积 5.26万㎡，其中肿瘤综合住院大楼总建筑面积 42966㎡，制剂楼总建筑面积 9180㎡。

2023年4月，我院陈晓红主任当选“2021-2022年度福建省卫生健康突出贡献中青年专家”。